Во Одделот за интердисциплинарни истражувања се собира, обработува, стручно и научно се проучува и се презентира археолошки материјал кој е подложен на специфична методологија на работа, посебни услови на чување и депонирање на материјалот и специфичен начин на изведување на теренските истражувања.
Во Одделот за интердисциплинарни истражувања влегуваат музејските збирки: Епиграфика и камена пластика, Нумизматика (античка и средновековна), Антропологија и Археозоологија.
Секоја од споменатите збирки опфаќа археолошки и музејски материјал кој потекнува од широк временски распон, односно ги опфаќа сите периоди, од праисторијата до средниот век.
