Seksioni për Arkeologjinë Parahistorike është i përbërë nga pesë koleksione komplekse të cilat në mënyrë kronologjike përfshijnë periudhën më të gjatë të ekzistencës së njerëzimit. Punimet arkeologjike janë të përpunuara nga materiale të shumëllojshme të cilat na japin pasqyrë për zhvillimin dhe ndjekjen e kulturës parahistorike në territorin e R. së Maqedonisë së Veriut, në një hark kohor prej 7.000 viteve, konkretisht nga Epoka e Re e Gurit deri në Epokën e Hekurit.
Gjurmët e hershme të ekzistencës së njeriut i ndjekim nga mbetjet materiale nga koleksioni paleolit ku korrespondojnë me Paleolitin e Mesëm të Vonshëm konkretisht 50.000 vjet p.e.s. Ndërmjet materialeve kulturore në seksion vend të posaçëm zë qeramika neolite që përjeton lulëzim të plotë në neolitin e zhvilluar.
Raporti i popullsisë në Neolitin dhe Eneolitin në sferën e besimit dhe trashëgimisë shpirtërore, përfaqësohet përmes shumë objekteve të kultit, kulte me paraqitje antropomorfe dhe zoomorfe, figurina dhe ngjashëm. Për stuhitë e trazirave në mileniumin e 2 p.e.s. të cilët kanë lënë gjurmë të fuqishme në materialet kulturore, tregojnë objektet në koleksionin e periudhës së bronzit.
Me rëndësi të veçantë janë studimet dhe hulumtimet në këtë seksion që kanë të bëjnë me Bashkësitë e Pajonit, ku theks të veçantë kanë objektet e grupit “Bronzet maqedonase-pajonite”. Atë pasqyrohen me shprehje të veçantë artistike dhe objekte origjinale që janë me rëndësi të madhe për epokën parahistorike të hekurit në Maqedoni.