Në Seksionin e Hulumtimeve Interdisciplinare mblidhen, përpunohen, në mënyrë profesionale dhe shkencore studiohet dhe prezantohet materiali arkeologjik ku i nënshtrohet në mënyrë specifike metodologjisë së punës, kushteve të veçanta për ruajtjen dhe deponimin e materialit dhe mënyrës specifike të kryerjes së hulumtimeve në terren.
Në Seksionin e Hulumtimeve Interdisciplinare hyjnë koleksionet muzeore: Epigrafika dhe guri plastik, Numizmatika (antike dhe mesjetare), Antropologjia dhe Arkeozoologjia.
Secila prej koleksioneve të përmendura përfshin materiale arkeologjike dhe muzeore që rrjedhin nga një hapësirë kohore e gjerë, konkretisht përfshin të gjitha periudhat, nga parahistoria e deri në periudhën mesjetare.