Во Археолошкиот музеј се наоѓа најстарата и најголемата специјализирана археолошка библиотека во државата.

Фондот на библиотеката брои преку 6.000 книги (со преку 20.000 стручни и научни трудови од домашни и странски автори).

Меѓу бројните книги се и многу ретки изданија, објавувани од почетокот на 20 ти век, а најстарото од нив потекнува од 1881 година.

Библиотеката е достапна за сите читатели, не само за научниците, археолозите, стручните лица, туку и за сите љубители на книгата и на историјата на културното наследство и археологијата.

Благодарение на несебичниот придонес на музејските институции во Македонија и странство, како и со лични донации од нашите колеги, Археолошкиот музеј ќе продолжи да биде јадрото на податоци за многу идни истражувања и генерации истражувачи.